Die Theodorskirche wird schon im Jahr 1048 erwähnt. Über das Aussehen der damaligen Kirche existieren keine Anhaltspunkte. Es kann jedoch angenommen werden, dass alte Teile der damaligen Kirche heute noch vorhanden sind. Die Kirche gehörte zu Beginn des 12. Jahrhundert. zum Kloster St. Alban.
Die Kirche liegt rheinaufwärts im heutigen Kleinbasel im Bereich des später verlassenen Dorfes Niederbasel, welches zu jener Zeit kirchenrechtlich zum Bistum Konstanz, grundrechtlich jedoch zum Bistum Basel gehörte. 1947 wurden die Gräber aus dem 8. Jahrhundert innerhalb der Kirche gefunden. 1984 und 1993 sind Gräber aus dem 11. Jahrhundert ausserhalb der Kirche gefunden worden.
Mit dem Bau der Rheinbrücke im Jahre 1225 siedelte sich ein Teil der Gemeinde rheinabwärts, in der Nähe der Brücke an. So fehlten der Gemeinde nun etliche Kirchgänger und vor allem Kirchensteuern. Als finanzieller Ausgleich wurde 1255 die Tochterkapelle St. Niklaus, neben dem damaligen Härenhaus und heutigen Hotel Merian Spitz, in der Nähe der Rheinbrücke errichtet. Für jene Zeit konnte auch erstmals St. Theodor als Namenspatron der Mutterkirche nachgewiesen werden.
Nach dem Grundriss der heutigen Kirche zu schliessen, welche im Jahre 1422 neu gebaut und Ende des 15. Jahrhunderts fertig gestellt wurde, hatte die romanische Kirche 2 Türme. Die Fundamente oder unteren Teile des einen Turms sind beim Neubau der spätgotischen Kirche für die Sakristei verwendet worden. Die dreischiffige, gotische Kirche hatte im Innern vor den diversen Umbauten eine Quergalerie, welche den gewölbten Chor mit den schönen Schlusssteinen vom Langhaus abschloss. Das Hauptschiff war frei von Einbauten. Nach dem Plan von Matthäus Merian war an der Ecke Turm / Chor eine Kapelle angebaut. Das Innere der Kirche war reich ausgestattet mit Altären, von welchen der bedeutendste der Altar der heiligen Jungfrau war, der im Winkel zwischen Sakristeiwand und Südwand des Langhauses stand, unterhalb des schönen Fensters das die Madonna mit Kind und dem Härenwappen zeigt.
Ludwig Hans Kilchmann und seine Familie stifteten 1497 die Kanzel und ein Sakramentshäuschen, sowie den Taufstein. Die Wappen der Familie Kilchmann sind in der Kirche wiederholt zu sehen.
Auf der rechten Unterseite der Kanzel ist als einziges Datum der Kirche das Jahr 1497 eingemeisselt, von den Steinmetzen wohl als Zeichen der Vollendung nicht nur der Kanzel, sondern auch der ganzen Kirche gedacht. Darüber erscheinen die vier Evangelisten mit ihren Symbolen, die in der Spätgotik allenthalben entweder als schreibende Männer oder mit, aus der Apk. Joh. Stammenden Symboltieren mit Flügeln abgebildet wurden. Diese vier Evangelistenattribute befanden sich auch auf dem verschwundenen „Lettner“.
Der Lettner, auch „Doxale“ genannt, ist eine steinerne oder hölzerne Schranke, die vor allem in Domen, Kloster – und Stiftskirchen den Raum für das Priester- oder Mönchskollegium vom übrigen Kirchenraum, der für Laien bestimmt war, abtrennte. Er ist eine Weiterentwicklung der frühchristlichen Chorschranken. Er entwickelte sich in der Spätromanik, hatte eine Blütezeit in der Gotik und wurde dann in seiner Funktion als „Lectorium“ allmählich von der Kanzel ersetzt.
Wann die die Drei Ehrengesellschaften Kleinbasels als Körperschaft und Stifter der ganzen Bevölkerung die Einzelfamilien in der Kirche abgelöst haben ist nicht bekannt. Jedenfalls zeugen die Scheiben mit dem Rebmesser auf rotem Grund, gehalten von zwei Engeln 1480, die Marienscheibe auf welcher das Härenwappen mit weissem Schild 1526, sowie das Greifenwappen von der nahen Verbindung der Drei Ehrengesellschaften zur Theodorskirche. Diese Scheiben wurden jeweils von den 3 Gesellschaften gestiftet.
Im Jahre 1691 wurde an der Nordwand des Langhauses eine Empore in barocken Formen eingebaut und im Jahre 1770 erfolgte die Erstellung einer Orgel vom berühmten Meister Joh. Andreas Silbermann von Strassburg.
Beim Abriss der Allerheiligenkapelle im Jahre 1881 wurden einige Grabplatten vom Friedhof St. Theodor an der Aussenmauer der Kirche angebracht, wo sie noch heute zu sehen sind. Unter anderen ist auch die Gedenkplatte vom Rebhausvorgesetzten Rudolf Ritter 1749 -1809 zu sehen. In der Kirche befindet sich auch der Epitaph von Heinrich Falkner dem Stadtschreiber, gest. 1566. Ebenso eine Ehrengedächtnistafel der Familie Brenner, auf welcher auch der Name des Greifenmeisters Joh. Heinrich . Brenner eingemeisselt ist.
Eine weitere Renovation im Jahre 1836 änderte das Aussehen der Kirche im Äusseren und im Innern wesentlich. Unter der Leitung von Amadeus Merian wurden die Vordächer an den Fassaden entfernt, die Fenster vergrössert, an der Westfassade die pseudogotische Vorhalle mit gusseisernen Säulen und Balustrade und an der Nordfassade ein hölzerner Windfang erstellt. Die Drei Ehrengesellschaften wurden durch das Bauinspektorat angefragt ob sie die Kosten für einen neuen Wetterhahn welcher auf dem Dach montiert war, übernehmen würden. Ein kupferner Wetterhahn wurde vergoldet und durch die Drei Ehrengesellschaften auch bezahlt. Die Renovation 1883 verfolgte den Zweck im Innern möglichst viel Platz zu schaffen. Die Orgel wurde an die Westfassade versetzt. Sie wurde im Jahre 1916 durch eine neue ersetzt.
Im Jahre 1942 erfolgte eine weitere Renovation in welche auch der Turm der Kirche einbezogen wurde. Es wurden zusammenhängende Emporen errichtet. Eine Neubemalung und ein Neuverputz des Innenraumes vorgenommen. Die Vordächer an den Längsseiten des Langhauses wurden zum Schutz der Grabtafeln wieder angebracht. Beim Kircheneingang, Westseite, wurde die Vorhalle wieder entfernt und durch ein einfaches Vordach ersetzt.
Im Jahre 2007 musste eine Dachsanierung beim Seitenschiff vorgenommen werden. Sämtliche drei Dächer des Langhauses wurden saniert, da diese Löcher aufwiesen. Durch Witterungseinflüsse verloren die Dachsparren ihren Halt, die Ziegelsteine verschoben sich und das Dach war undicht. Das Dach befindet sich heute in einem Zustand wie im Mittelalter. Da die Dachsparren und Ziegel bis zu den Nägeln wie im Mittelalter zusammengefügt sind. Gemäss Denkmalpflege ist dies eine bauliche Sensation.
Die Renovation hatte nur ein Wermutstropfen. Durch Vandalen wurde im September 2008 das steinerne Dachkreuz auf dem Kirchendach beschädigt. Die Täterschaft verschaffte sich über das Baugerüst Zugang zum Dach und verursachte so den Schaden. Man sollte meinen dass es von wesentlicher Bedeutung ist bauliche Zeitzeugen sowie alte Bräuche zu erhalten und zu schützen. Eine solche Einstellung zur Sache trägt wesentlich zum Erhalt unserer Kultur bei.
Erwin Hensch, E. Gesellschaft zum Greifen
Quellennachweis: 25 Jahresbericht Denkmalpflege 1936 und 1943, W.R. Staehelin, E.A. Meier, Der Basler Arbeitsrappen 1984, Staatsarchiv BS, Pfarrkirche St. Theodor von Paul Barth